Browsing by Author "Akdoğan, Ebru Demet"
Now showing items 1-10 of 10
-
B2 Adrenerjik Reseptöründe Aktif Ve İnaktif Hallere Geçişlerdeki Allosterik Mekanizmanın Araştırılması Ve İlaç Tasarım Çalışmalarında Uygulaması
Önemli bir hücre zarı proteini olan ?2-adrenerjik reseptörü (kısaca ?2-AR), G protein bağlantılı reseptör (GPCR) üstfamilyasından olup, farklı sinyal aktarım yollarında başlangıç konumundadır. Lipid hücre zarı içine gömülü ... -
Exploring distinct binding site regions of beta(2)-adrenergic receptor via coarse-grained molecular dynamics simulations
Cakan, Sibel; Akdoğan, Ebru Demet (Scientific Technical Research Council Turkey-Tubitak, 2013)beta(2)-Adrenergic receptor (beta(2)AR) is a G protein-coupled receptor that is highly flexible and able to recognize a wide range of ligands through its conformational variations. Active and inactive conformations revealed ... -
How an Inhibitor Bound to Subunit Interface Alters Triosephosphate Isomerase Dynamics
Kürkçüoğlu, Zeynep; Fındık, Doğa; Akdoğan, Ebru Demet; Doruker, Pemra (Cell Press, 2015)The tunnel region at triosephosphate isomerase (TIM)'s dimer interface distant from its catalytic site is a target site for certain benzothiazole derivatives that inhibit TIM's catalytic activity in Trypanosoma cruzi the ... -
In silico design of novel and highly selective lysine-specific histone demethylase inhibitors
Akdoğan, Ebru Demet; Erman, Burak; Yelekçi, Kemal (Scientific Technical Research Council Turkey-Tubitak, 2011)Histone lysine-specific demethylase (LSD1) is involved in a wide range of epigenetic processes and plays important roles in gene silencing DNA transcription DNA replication DNA repair and heterochromatin formation. Its ... -
Investigation of allosteric inhibition effect in pyruvate kinase by constrained molecular dynamics simulation method Piruvat kinazın allosterik olarak inhibe edilmesinin kısıtlanmış moleküler dinamik similasyon methodu kullanılarak incelenmesi
Akkaya, Reyhan (Kadir Has Üniversitesi, 2021)In previous studies, our research group identified species-specific allosteric sites in glycolytic enzymes from different organisms and identified candidate inhibitory molecules that strongly interact with the residues at ... -
Kompleks Proteinlerin Farklı Bölgelerindeki Amino Asit Dağılımı ve Etkileşimini Etkileyen Çevresel ve Yapısal Faktörlerin İncelenmesi: Hücre Zarı Ortamı, Sekonder Yapı ve Kompleks Yapıdaki Monomer Sayısı
Akdoğan, Ebru Demet (2020)Bu projede kompleks yapılardaki amino asit türleri, dagılımları, görülme sıklıkları, çözücü ersilir yüzey alanı (SASA), arayüzeyde etkilesen amino asit çiftlerinin görülme sıklıkları ve kontakt derecelerini etkileyen yapısal ... -
Pharmacophore- based screening and docking for the discovery of novel antagonists of Beta-2 adrenergic receptor
Yakar, Rüya (Kadir Has Üniversitesi, 2013)ß2AR which is the member of rhodopsin-like GPCR is the target system for the discovery of novel antagonists using structure-based pharmacophore modeling and docking methods. initially a shared pharmacophore model is obtained ... -
The prediction of 3d structure of the dimeric state of human β2-adrenergic receptor
Koroğlu, Ayça (Kadir Has Üniversitesi, 2016)A significant amount of experimental and computational data points out a possible role of TM6 in the dimerization of ?2-adrenergic receptor (?2AR). Peptide– and protein–protein docking experiments guided by this assumption ... -
Sonlu Metrik Uzayların Gromov Çarpımları İleİncelenmesi Ve Filogenetik Uygulamaları
Sonlu metrik uzaylar, sonlu bir X kümesi üzerinde tanımlı bir d uzaklık fonksiyonu ile karakterize edilen uzaylardır. Projede, sonlu metrik uzayların sınıflandırılması ve çizge temsilleri problemlerine Gromov çarpımları ...